Kościół zbudowany został na planie krzyża w stylu barokowym. Korpus trzynawowy w formie bazylikowej z transeptem posiada prezbiterium zakończone prostą ścianą. Dwie wieże boczne usytuowane w płaszczyźnie fasady, a zakończone smukłymi i ażurowymi kopułami, nadają budowli charakter monumentalny. Fronton urozmaicają podcienia, które dostawione zostały do świątyni w roku 1863 przez gwardiana o. Innocentego Nycza. Tenże franciszkanin wybudował podcienia również od strony północnej kościoła. W czasie odpustów i świąt kościelnych ustawiane są w nich konfesjonały do spowiadania wiernych. Frontowe podcienia zakończone są tarasem otoczonym żelazną balustradą. Na przedłużeniach filarów podcieni stoją na postumentach kamienne figury ewangelistów.

Pierwsza i druga kondygnacja fasady w wykształconych blendach upiększona została malowidłami. Na najwyższym polu znajduje się obraz Matki Boskiej Kalwaryjskiej, poniżej św. Kingi, bł. Jakuba Strzemię, malowidła te wykonał w roku 1900, artysta malarz Jan Bogdański. Pierwotnie kościół pokryty był gontem, a obecnie blachą miedzianą. Przed głównym wejściem do kościoła na placu ustawione są dwie figury kamienne: św. Franciszka i św. Antoniego. W podcieniach zawieszone zostały współczesne obrazy: bł. Aniela Salawa, św. Albert Chmielowski, św. Faustyna Kowalska i św. Królowa Jadwiga.

Wnętrze kościoła zachowało pierwotny barokowy styl. Korpus kościoła jest trójnawowy, bazylikowy z transeptem wystającym poza ściany naw bocznych. Cała główna nawa razem z prezbiterium ma 37 m długości i 8, 20 m szerokości; natomiast transept 25 m długości i 8, 40 m szerokości. Ściany wewnętrzne ozdobione zostały bliźniaczymi pilastrami. Nawy boczne posiadają po 12, 10 m długości i 2, 10 m szerokości. Otwarte są do nawy głównej półkolistymi arkadami wspartymi na masywnych czworobocznych filarach. Sklepienia nawy głównej i bocznych są, kolebkowe zaś w skrzyżowaniu naw żaglaste.

Ciekawą i charakterystyczną ozdobą wnętrza kościoła jest galeryjka znajdująca się pod sklepieniem i obiegająca cały kościół. Prezbiterium kościoła jest dwuprzęsłowe, zamknięte prostą ścianą. Od północy dobudowano do niego dwa kwadratowe pomieszczenia (dawniej zakrystia i skarbiec), od południa zaś przedsionek łączący kościół z nawą, zakrystią i budynkiem klasztornym. Wszystkie ołtarze będące niewątpliwie bogatą dekoracją kościoła kalwaryjskiego, wywodzą się z warsztatu wybitnego rzeźbiarza lwowskiego Macieja Polejowskiego z XVIII w.

W prezbiterium znajduje się barokowy ołtarz. Swoją płaszczyzną zajmuje całą powierzchnię ściany szczytowej prezbiterium. Bogato ornamentowany pilastrami, lizenami, gzymsami oraz złoconymi kolumnami zakończonymi kapitelami korynckimi zdobionymi stylizowanymi liśćmi akantu. W głównym polu ołtarza znajduje się krucyfiks. Na konsolach przy wewnętrznych kolumnach ustawione są figury św. Grzegorza i św. Ambrożego. W tympanonie ołtarza znajduje się obraz Trójcy Świętej otoczony alegorycznymi postaciami obrazującymi cztery strony świata. Za kolumnami, na płaszczyźnie ołtarza wkomponowane są postacie: św. Stanisław ze Szczepanowa, św. Helena, św. Barbara i św. Wojciech.
Po obu stronach prezbiterium umieszczone są stalle, w których przedstawiono postacie świętych franciszkańskich: św. Franciszka z Asyżu, św. Antoniego, św. Bonawentury, św. Berarda i po drugiej stronie prezbiterium: św. Klary, św. Kingi, bł. Salomei i św. Elżbiety. Po lewej stronie, nad wejściem do dawnej zakrystii, umieszczono w ozdobnej, barokowej ramie, niezbyt udaną kopię obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej.
U wejścia do prezbiterium zawieszona jest ambona. W jej zaplecku są dwa putta podtrzymujące złotą kotarę, zza której wyłania się obraz Chrystusa – Dobrego Pasterza. Z prawej strony znajduje się zakrystia, która składa się z dwóch sal. Pierwsza stanowi przedsionek, z którego prowadzi wejście do klasztoru i do zakrystii zbudowanej w 1910 r. W przedsionku na uwagę zasługują dwa obrazy. Pierwszy z nich przedstawia plan dróżek kalwaryjskich z przełomu XIX i XX wieku, drugi to Taniec śmierci. Drugą salę stanowi obecna zakrystia sanktuarium.

Południowe skrzydło transeptu stanowi jakby boczną kaplicę, w której znajduje się ołtarz z XVIII wieku, z cudownym obrazem Matki Bożej Kalwaryjskiej. Sam ołtarz posiada bogatą ornamentykę. Jego walory artystyczne podkreślają złocone figury świętych: Józefa, Marii Salome, Marii Magdaleny i Jana Chrzciciela. W zwieńczeniu widnieją posągi św. Joachima i św. Zachariasza. W tympanonie znajduje się dużych rozmiarów kopia obrazu Murilla – Niepokalana. Charakterystyczną ozdobę stanowi także bogato zdobione tabernakulum, na którym umieszczono baldachim w formie kopuły zakończone lunetą z krzyżem. Po prawej stronie ołtarza umieszczony jest obraz przedstawiający niektóre cuda otrzymane za wstawiennictwem Matki Bożej Kalwaryjskiej namalowany przez Jana Bieszczada w 1867r., obok obrazu, w arkadzie prowadzącej do nawy bocznej, umieszczona jest dekorowana, kamienna tablica upamiętniająca koronację cudownego obrazu Matki Bożej. Po prawej stronie transeptu znajduje się ołtarz św. Franciszka z Asyżu, założyciela zakonu franciszkańskiego. Postać Świętego w obrazie pokryta jest drewnianą, pozłacaną sukienką.

Po przeciwnej stronie ołtarza, na filarze, znajduje się współczesny obraz przedstawiający fundatora Kalwarii, Andrzeja Maksymiliana Fredrę. Po lewej stronie ołtarza św. Franciszka wisi obraz przedstawiający scenę nadania odpustu Porcjunkuli św. Franciszkowi. W północnym skrzydle transeptu centralne miejsce zajmuje ołtarz Najświętszego Serca Pana Jezusa. W głównym polu ołtarza umieszczony został obraz przedstawiający scenę zdjęcia z krzyża. Obraz ten jest kopią XVIII-wiecznego obrazu autorstwa Jeana Baptisty Jouveneta i jest zasuwą innego, mniejszego obrazu Ecce Homo. W barokowej ramie, identycznej jak rama obrazu Matki Bożej, malowidło ukazuje Chrystusa ubranego w szkarłatny płaszcz, ze związanymi rękoma z cierniową koroną na głowie, trzymającego trzcinę w ręku. Krople krwi spod korony cierniowej spływają na spokojne oblicze Chrystusa, który wpatruje się w niebo. Po obu stronach ołtarza, na konsolach przy kolumnach, stoją postacie Mojżesza i Aarona. Dekoracją tego ołtarza są także dwa płaczące anioły umieszczone na szczytach kolumn korynckich. Po lewej stronie transeptu wiszą obrazy: bł. Rafała Chylińskiego, bł. Achillesa Puchały, a także część stacji Drogi Krzyżowej. Po prawej stronie ołtarza, w oszklonej gablocie, stoi figura Matki Bożej Wniebowziętej, która niesiona jest podczas nocnej procesji z 14 na 15 sierpnia, podczas odpustu kalwaryjskiego. Figura ta posiada naturalne, kobiece włosy, które ofiarowała jedna z czcicielek Matki Bożej jako wotum za otrzymane łaski. Nad gablotą wisi obraz przedstawiający śmierć św. Józefa. Obok gabloty znajduje się ołtarz poświęcony św. Antoniemu z Padwy. Postać Świętego w obrazie, podobnie jak św. Franciszek, pokryta jest drewnianą, pozłacaną sukienką. Obraz pokazuje św. Antoniego trzymającego na rękach Dzieciątko Jezus. Po przeciwnej stronie ołtarza, na filarze, znajduje się obraz przedstawiający fundatora i budowniczego kościoła, Szczepana Józefa Dwernickiego. Natomiast obok ołtarza Serca Pana Jezusa umieszczona jest tablica epitafijna, upamiętniająca miejsce pochówku fundatora.

W nawie głównej znajdują się dwa ołtarze. Ustawione na filarach oddzielających nawę główną od bocznych. Po prawej stronie, ołtarz poświęcony św. Tekli, naprzeciw ołtarza wisi obraz przedstawiający św. Józefa z Dzieciątkiem. Po lewej stronie nawy głównej jest ołtarz poświęcony św. Józefowi z Kupertynu, w którym to ołtarzu znajduje się obraz św. Maksymiliana, naprzeciw ołtarza zawieszony jest niewielki obraz przedstawiający wskrzeszenie Łazarza. Jest to kopia większego XVIII-wiecznego obrazu autorstwa Jouveneta. Na pilastrach w prezbiterium i nawie głównej znajdują się portrety Apostołów, na wewnętrznej stronie jednego z obrazów widnieje napis: “Jan Bieszczad malował w roku 1866”. Również w tej części kościoła, na filarach, znajdują się, w barokowych, owalnych ramach, dwa obrazy: św. Michała Archanioła i św. Mikołaja. Wnętrze nawy głównej niewątpliwie zdobi chór muzyczny, na którym znajdują się barokowe organy. Po prawej stronie, w arkadzie prowadzącej do nawy bocznej, wisi współczesny obraz przedstawiający św. o. Pio, na ścianie zamykającej nawę boczną umieszczono obraz św. Antoniego. Na filarze tej nawy można zobaczyć obraz przedstawiający bł. Jana Dunsa Szkota a na ścianach stacje Drogi Krzyżowej. Po lewej stronie nawy głównej, w arkadzie prowadzącej do nawy bocznej, nad kropielnicą, umieszczono pięknie wykonany krzyż. W tej nawie oprócz stacji Drogi Krzyżowej zobaczyć można na ścianie kończącej nawę przepiękny obraz przedstawiający św. Franciszka z Asyżu, a także na filarach nawy obraz pokazujący franciszkańskich męczenników Andrzeja i Towarzyszy i dalej obraz św. Bonawentury

Ściany i sklepiania świątyni pokryte są barokowymi freskami. Prawdopodobnie ich autorem jest Stanisław Stroiński, który był uczniem Benedykta Mazurkiewicza, a także innych znanych artystów, których twórczość opierała się na osiągnięciach późnobarokowego, monumentalnego, iluzjonistycznego malarstwa włoskiego. Kalwaryjską, zniszczoną polichromię odnowili w roku 1857 malarze: Michał Łoziński, Antoni Chabielski i Feliks Ligiżeński. Liczne zniszczenia spowodowane upływem czasu a także zakładaniem sieci elektrycznej kościoła, spowodowały, że polichromia została pomalowana w latach 1966-69 przez Mieczysława Świerczewskiego z Krakowa.
Pośród licznych dekoracji na sklepieniach przedstawione zostały sceny: w prezbiterium – Adoracja Krzyża Świętego przez św. cesarzową Helenę oraz Wręczenie kluczy św. Piotrowi. Na sklepieniu pomieszczenia dawnej zakrystii, po lewej stronie prezbiterium namalowano obraz przedstawiający Nauczanie dwunastoletniego Pana Jezusa w świątyni. Polichromia sklepienia południowego transeptu (nad ołtarzem Matki Bożej) przedstawia scenę Zaśnięcia Matki Bożej w otoczeniu Apostołów i świętych kobiet, natomiast w lunecie po prawej stronie transeptu przedstawiona jest Matka Boża z Dzieciątkiem na tle kościoła kalwaryjskiego. W północnym transepcie sklepienie dekoruje scena Przemienienia Pańskiego, a w lunecie po lewej stronie Modlitwa Pana Jezusa w Ogrójcu. Skrzyżowanie transeptu z nawą główną zwieńczone jest kopułą. Polichromia w kopule przedstawia Wniebowstąpienie Pańskie, a w narożnikach cztery medaliony z podobiznami i atrybutami Ewangelistów. Sklepienia nawy głównej udekorowane są scenami: Koronacja Matki Bożej oraz Niebiańska chwała św. Franciszka. Ponad organami widnieje malunek przedstawiający Króla Dawida chwalącego Boga psalmami. Polichromia sklepienia naw bocznych przedstawia sceny z życia św. Franciszka z Asyżu: Otrzymanie reguły przez św. Franciszka, Stygmatyzacja św. Franciszka, Nadanie odpustu Porcjunkuli, oraz Św. Franciszek i św. Dominik orędownicy za grzesznym światem. Pod chórem namalowano symbole wiary, nadziei i miłości.