Południowe skrzydło transeptu stanowi jakby boczną kaplicę, w której znajduje się XVIII wieczny ołtarz z cudownym obrazem Matki Bożej Kalwaryjskiej. Sam ołtarz posiada bogatą ornamentykę. Jego walory artystyczne podkreślają złocone figury świętych: Józefa, Marii Salome, Marii Magdaleny i Jana Chrzciciela. W zwieńczeniu widnieją posągi św. Joachima i św. Zachariasza. W tympanonie znajduje się dużych rozmiarów kopia obrazu Murilla – Niepokalana. Charakterystyczną ozdobę stanowi także bogato zdobione tabernakulum, na którym umieszczono baldachim w formie kopuły zakończone lunetą z krzyżem.

Po prawej stronie ołtarza umieszczony jest dużych rozmiarów obraz przedstawiający niektóre cuda otrzymane za wstawiennictwem Matki Bożej Kalwaryjskiej namalowany przez Jana Bieszczada w 1867r., obok obrazu, w arkadzie prowadzącej do nawy bocznej, umieszczona jest dekorowana, kamienna tablica upamiętniająca koronację cudownego obrazu Matko Bożej. Po prawej stronie transeptu znajduje się ołtarz św. Franciszka z Asyżu, założyciela zakonu franciszkańskiego. Postać Świętego w obrazie pokryta jest drewnianą, pozłacaną sukienką. Obraz pokazuje scenę adoracji krzyża przez św. Franciszka.

Po przeciwnej stronie ołtarza, na filarze, znajduje się współczesny obraz przedstawiający fundatora Kalwarii, Andrzeja Maksymiliana Fredrę. Po lewej stronie ołtarza św. Franciszka wisi obraz przedstawiający scenę nadania odpustu Porcjunkuli św. Franciszkowi.

W północnym skrzydle transeptu centralne miejsce zajmuje ołtarz Najświętszego Serca Pana Jezusa. W głównym polu ołtarza umieszczony został dużych rozmiarów obraz przedstawiający scenę zdjęcia z krzyża. Obraz ten jest kopią XVIII -wiecznego obrazu autorstwa Jeana Baptisty Jouveneta i jest zasuwą innego, mniejszego obrazu Ecce Homo. W barokowej ramie, identycznej jak rama obrazu Matki Bożej, malowidło ukazuje Chrystusa ubranego w szkarłatny płaszcz, ze związanymi rękoma z cierniową koroną na głowie, trzymającego trzcinę w ręku. Krople krwi spod korony cierniowej spływają na spokojne oblicze Chrystusa, który wpatruje się w niebo. Po obu stronach ołtarza, na konsolach przy kolumnach, stoją postacie Mojżesza i Aarona. Dekoracją tego ołtarza są także dwa płaczące anioły umieszczone na szczytach kolumn korynckich.

Po lewej stronie transeptu wiszą obrazy: bł. Rafała Chylińskiego, bł. Achillesa Puchały a także część stacji Drogi Krzyżowej. Po prawej stronie ołtarza, w oszklonej gablocie, stoi figura Matki Bożej Wniebowziętej, która niesiona jest podczas nocnej procesji z 14 na 15 sierpnia podczas odpustu kalwaryjskiego, przy blasku tysięcy świec. Figura ta posiada naturalne, kobiece włosy, które ofiarowała jedna z czcicielek Matki Bożej jako wotum za otrzymane łaski. Nad gablotą wisi obraz przedstawiający śmierć św. Józefa.

Obok gabloty zaś znajduje się ołtarz poświęcony św. Antoniemu z Padwy. Postać Świętego w obrazie, podobnie jak św. Franciszek, pokryta jest drewnianą, pozłacaną sukienką. Obraz pokazuje św. Antoniego trzymającego na rękach Dzieciątko Jezus. Po przeciwnej stronie ołtarza, na filarze, znajduje się obraz przedstawiający fundatora i budowniczego kościoła, Szczepana Józefa Dwernickiego. Natomiast obok ołtarza Serca Pana Jezusa umieszczona jest tablica epitafijna, upamiętniająca miejsce pochówku fundatora.