W prezbiterium znajduje się barokowy ołtarz wielki. Swoją płaszczyzną zajmuje całą powierzchnię ściany szczytowej prezbiterium. Bogato ornamentowany pilastrami, lizenami, gzymsami oraz złoconymi kolumnami zakończonymi kapitelami korynckimi zdobionymi stylizowanymi liśćmi akantu. W głównym polu ołtarza znajduje się krucyfiks. Na konsolach przy wewnętrznych kolumnach ustawione są figury św. Grzegorza i św. Ambrożego. W tympanonie ołtarza znajduje się obraz Trójcy Świętej otoczony alegorycznymi postaciami obrazującymi cztery strony świata. Za kolumnami, na płaszczyźnie ołtarza wkąponowane są postacie; św. Stanisław ze Szczepanowa, św. Helena, św. Barbara i św. Wojciech.

Po obu stronach prezbiterium umieszczone są stalle w zapleckach, których przedstawiono postacie świętych franciszkańskich: św. Franciszka z Asyżu, św. Antoniego, św. Bonawentury, św. Berarda i po drugiej stronie prezbiterium: św. Klary, św. Kingi, bł. Salomei i św. Elżbiety. Po lewej stronie, nad wejściem do dawnej zakrystii, umieszczono w ozdobnej, barokowej ramie, niezbyt udaną kopię obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej.

U wejścia do prezbiterium zawieszona jest ambona. W jej zaplecku są dwa putta podtrzymujące złotą kotarę, zza której wyłania się obraz Chrystusa – Dobrego Pasterza. Z prawej strony jest zakrystia, która składa się ona z dwóch sal. Pierwsza stanowi przedsionek, z którego prowadzi wejście do klasztoru i do zakrystii zbudowanej w 1910 r. W przedsionku na uwagę zasługują dwa obrazy wiszące na ścianach. Pierwszy z nich przedstawia plan dróżek kalwaryjskich z przełomu XIX i XX wieku. Drugi to Taniec śmierci. Drugą salę stanowi obecna zakrystia sanktuarium.